京都の、いわゆる「底辺」女子高に通うオタク少女３人は、校内カーストの最下層として扱われていた。そんなある日、東京から息を呑むほど美しい少女、蛍が転校してくる。３人は「オタク部」――名ばかりの生物部――に集まり、それぞれの趣味に没頭していた。そんな中、蛍が「私もオタクなの」と告白し、入部を希望する。４人は次第に友情を深めていくが、ある日、蛍は線路に飛び込み、命を落としてしまう。真相を知らないまま数年が経ち、蛍が残した悲劇の歪みに囚われていく――