光来国の都、太明で、奇妙な火球――鬼火――が目撃されるという不可解な事件が発生した。やがて、これは身分の低い母を持つ現天皇の即位に対する天の怒りだという噂が人々の間で広まり始める。事態を重く見た天皇は、側近の天勇に東明へ向かい、有能な錬金術師を探すよう命じる。そこで天勇は、男装した少女錬金術師、霊炎と出会う。天勇の依頼を受けた霊炎は、錬金術の知識を駆使して鬼火の謎を解き明かすため、内宮に潜入することになる……!? 錬金術×内宮の謎が今、始まる！